La estructura organizativa se conforma a través de la representación de 1.122 AUTORIDADES de RESGUARDOS y CABILDOS, en 22 Departamentos a lo largo y ancho del país, donde la base principal son las autoridades y los mayores quienes dictan los lineamientos políticos sociales y direccionan bajo su Pensamiento Propio dentro de la cosmovisión ancestral indígena.

Se define una Coordinación Nacional, conformada por nueve miembros de diferentes pueblos que son nombrados en Asamblea General definidos por las mismas Autoridades de base, tienen responsabilidad política, y son responsables de hacer cumplir los MANDATOS que las Autoridades de base han promulgado y que tiene fuerza de ley para el proceso Organizativo. Donde la representante legal de la organizacion le corresponde el manejo administrativo de la Organización.

Temas que ordenan la Autoridades, en el trabajo que contribuyen en la gestión de las autoridades conformando así Comisiones o áreas de trabajo como: