Esta comisión trabaja por preservar la educación propia y autónoma de los pueblos indígenas desde su Ley de Origen, Derecho Propio y Gobierno Propio; garantizando el acompañamiento formativo desde la infancia hasta la adultez.
A partir de proyectos y convenios se busca fortalecer los programas educativos e infraestructuras requeridas para la transmisión intergeneracional de los saberes ancestrales, contemplando como prioridad construir espacios y realizar alianzas con distintas instituciones académicas para la culificación secundaria y profesional de los indígenas pertenecientes a las distintas etnias en Colombia.