Esta comisión se encarga de la construcción, planeación, registro y ejecución de programas y proyectos susceptibles de financiación desde recursos públicos y/o privados, nacionales y/o internacionales; encaminados a beneficiar a los pueblos indígenas de Colombia que caminan con la organización. Adémas, se identifican iniciativas y proyectos propios de los territorios regionales que requieran asesorias y/o enlaces con instituciones que puedan apoyar sus proyectos.
El banco de proyectos es una herramienta que tambien permite materializar los Planes de Desarrollo en acciones tangibles que beneficien directamente a los entes territoriales y/o regionales.